中心的组织保障管理体系如图所示，建立了职责清晰目标明确的组织管理机制，保障实验中心高效运行。中心实行集中管理、统筹调配、资源共享的管理模式。中心主任在实验教学指导委员会指导下，在教务处、实验室管理处的监督和协调管理下，统筹调配和管理中心资源，保证中心优质资源的共享和高效利用。学校教务处、实验室与设备管理处对实验中心教学建设与改革进行宏观指导和管理，实验中心依托学院相关学科专业具体落实各项建设与管理工作。

实验中心采取主任负责制，全面负责实验中心的总体规划、设备条件建设、教学运行管理和教学资源的统筹调配等工作。实验中心设副主任6人，分别负责虚拟实验信息化平台建设、四个板块的虚拟仿真实验教学及资源建设、校企合作与共享。